居住在关都地区真新镇的主人公小智十分热爱宝可梦\n在十岁生日那天小智被允许可以以宝可梦训练家的身份踏上旅程但非常期待旅程到来的他却在出发当天早上睡过了头\n虽然在出发的早上可以挑选同伴宝可梦但留给小智的只剩下皮卡丘而那皮卡丘也完全和小智熟络不起来它不愿意进精灵球虽然小智和皮卡丘之间的相处进行得不顺利但以某件事为契机他们终于相互承认对方是自己的同伴\n他们从关都地区旅行到橘子群岛然后小智与皮卡丘冒险之旅的舞台又转到城都地区在经过与许多不同的人及宝可梦的不断邂逅与分离后小智他们在激烈的宝可梦对战中不断成长